الأولى : دفنه ليلاً وطمس قبره خشية اعتقاد العوام فيه كما هو حال كثير من عوام أهل العراق ، ودفن في تل اللحم رحمه الله .
الثانية : تزويج ابنتيه شريفة وحبيبة بمن تقدم إليهما في حياته .
الثالثة : رجوعهم إلى بلدهم الأحساء ، ولم يؤرخ أحد لوفاته بدقة غير أن كل من ترجم له يقول : إنه توفي في حدود 1230 ، وهذا التاريخ قريب من الصحة لأمرين :

الأول : وقفية رأيتها على كتاب كنوز الحقائق بعض نصها : أما بعد فقد حبس وسبل على طلبة العلم الشريف من المالكية علي بن ثامر السعدون ، وشهد بذلك عبدالرحمن بن الشيخ مبارك المالكي ... سلخ شوال سنة1231 .
ووقفية أخرى رأيتها على كتاب الخرشي الصغير على خليل بعض نصها : وقّفته وحبّسته على الأخ عبدالرحمن بن الشيخ مبارك وبعده على أهل المذهب المالكي … وأنا الفقير إلى الله علي بن ثامر السعدون... حرر في شوال 1231 .
فهاتان الوثيقتان تشيران إلى أن الشيخ مباركاً ربما توفي قُبيل ذلك بقليل إذ ليس من الأدب أن يوقف على الابن والأب حي ، وكذلك فيها إشارة إلى أن هذين الكتابين هدية توديع .
الثاني : عثرت على وثيقتين مفاد الأولى أن محمد بن الشيخ مبارك قد اشترى من أخيه عبدالعزيز ماورثه من أخيه عبدالله ووالده الشيخ مبارك ، وتاريخها 11/3/1235 ، والثانية مبيع ميراث زوجة مبارك من زوجها على ولديها عبدالرحمن وعبداللطيف ، وتاريخها 30/5/1236 ،وكلتا الوثيقتين كتبتا في الأحساء .